Las líneas de investigación que se tienen en el Área son:

1. Sistemas de tratamientos (físicos, químicos y biológicos) de aguas residuales, modelación y caracterización de contaminantes en cuerpos acuáticos, degradación de compuestos orgánicos.
2. Dinámica de fluidos computacional aplicada a aguas superficiales, morfología de ríos e hidrología superficial.
3. Hidrogeología de contaminantes (modelación de flujo subterráneo y transporte de contaminantes) y geofísica ambiental.(hidrogeofísica), evaluación y planeación de los recursos hídrico; monitoreo ambiental de los recursos hídricos y del aire, aplicación de sistemas de información geográfica.

Los profesores investigadores de esta área imparten docencia, entre otros, en temas tales como:

• Ecología.
• Mecánica de fluidos avanzada
• Sistemas de información geográfica.
• Procesos de tratamiento primario y secundario.
• Sistemas avanzados de tratamiento e Hidrogeología.